旭日帝国的武器非常尖端，结合了纳米科技的帝国军队能够将火力布置到战场的任何位置，玩家拥有了更多的选择，帝国的某个超武配合盟军的质子撞击炮，甚至能打出1+1大于2的效果，足以体现游戏玩法之深。
帝国围墙
帝国围墙售价10美元，完成帝国建造场后即可解锁。
旭日帝国的围墙采用了极其复杂的纳米合金材料，在帝国成熟的科技加持下，这些高科技的围墙成本反而比混凝土还要便宜，通过电脑控制，帝国可以自由地将它们雕刻成城堡墙壁的形状。
帝国的墙壁没什么好说的，除了墙墩造型参考了日本古建筑风格以外，墙壁主体与另外两个阵营差别不大。不过由于帝国的建筑扩展起来比较方便，都是纳米核心小车子，使用围墙大法也更方便。
顺带一提，红警3里有个bug，如果玩家在PVP里将围墙与其它单位编成一队，就会导致游戏崩溃，没有素质的玩家为了对战时逃避战败记录就会利用这个bug，好孩子千万不要学这个。
防卫者-VX
防卫者-VX，售价800，完成帝国矿厂的建造后即可解锁。
就像每个帝国建筑一样，防卫者-VX也是由纳米核建造而成，使得帝国能够将火力防御布置到战场上的任何地方而不需要地面控制。
结合了帝国变形科技的防卫者-VX，能够同时搭载攻击步兵与装甲单位的脉冲加农炮以及和空中目标交战的导弹发射器，不过为了节省空间，导弹发射器装在了炮塔底盘里，因此防卫者-VX无法同时使用这两个武器。
和其它建筑一样，防卫者-VX也具有部署在水面上的能力。
就算没有玩过红警3，如果玩过心灵终结的话，应该对防卫者-VX感到熟悉，事实上心灵终结的科技重机枪塔的造型和音效就来自于防卫者VX，只不过科技重机枪塔造型看起来更加朴实无华，材质也变成了比较正常的混凝土。
虽然旭日帝国的脉冲导弹看起来科技含量很高，但是用于对步兵与载具的脉冲加农炮，从造型来看非常像传统的双联M2勃朗宁，造型上看与苏联的哨戒机枪颇为相似。
波能塔
波能塔，售价1400，需要完成纳米科技电脑主机的建造才能解锁。
盟军有光棱塔，苏联有磁暴线圈，而帝国，拥有威力惊人的波能塔。
每座波能塔都配备了强力的波能炮，发出的激光炮可以穿透多个敌人。它们的射程非常远，甚至可以攻击水下的海军舰艇。
如果非要说有什么弱点的话，可能就是波能塔的耗能实在是太大了。波能塔不仅要消耗大量的能量，每次射击还需要花费一段时间去充能，这导致它的攻击频率很低，虽然在蓄能完成之前就进行攻击，但是威力与充能完毕后相差较大，只在面对一些防御较弱的敌人时才比较有用。
从设定上看，波能塔的波能炮应该与波能坦克师出同源，其原型应该都是出自《宇宙战舰大和号》的波动炮。
纳米虫群
帝国超级武器，售价1500，需要完成纳米科技电脑主机的建造才能解锁。
纳米虫群是帝国的防御性超级武器，在充能完毕后，纳米虫群能够在一个区域里释放一大群纳米机器人，将一个区域包围在牢不可破的屏障中，宛如一堵围墙，墙里的人想出去也出不去，墙外的人想进来也进不来，即使是炮弹也无法穿透封锁。
有趣的是，如果玩家在盟军超武质子撞击炮炮弹打下之前展开纳米虫群，可以防住超武的攻击，但是如果在第一炮之后再展开的话，质子撞击炮的威力就会成倍增加，几乎能够瞬秒圈内和圈外所有单位，因为数以亿计的纳米机器人被质子撞击炮算作了反应单位，而质子撞击跑可以通过链式反应加强爆炸威力。
这种能够分割战场的护盾在带点科幻元素的作品里很常见，在复联3里，瓦坎达就用防护罩来抵挡灭霸大军的进攻。
不过使用纳米机器人来组成护盾，无论是在现实还是在文化作品里都不多见，印象中与之比较相似的是电影《超能陆战队》里的微型机器人，这些黑色小机器人可以在人类的控制下随意排列组合。
超能波毁灭装置
帝国超级武器，售价2500，完成纳米科技电脑主机的建造即可解锁。
在对百合子超能力的研究进行到一定阶段后，科学家突发奇想，如果将以百合子为原型的克隆体集中起来，将她们所掌握的超能力汇集于一点，攻击时所产生的威力会有多么强大？
出于这个想法，在经过一系列复杂的实验以后，超能波毁灭装置就此诞生了。这个武器周围布置了六个小房间，每个房间里禁锢了一个百合子克隆体，通过汲取她们的力量，可以为正中间的装置充能，充能完毕后，就能发射出威力巨大的炮弹，用灵能冲击摧毁指定区域内的所有单位。
从定位上来看，超能波毁灭装置与苏联的真空内爆弹、盟军的质子撞击炮差不多，不过单看威力，超能波毁灭装置要逊色不少，其主要优点在于攻击速度较快，没有攻击前的烟雾提示，能够在敌人尚未反应过来之时就摧毁目标单位。
这种将超能力者的超能力放大，以此作为超级武器的装置，云游姬印象最深的还是《X特警2》里的脑波放大器，通过放大X博士的超能力，该装置能够帮助史崔克寻找并杀死所有的变种人。
而如果只是将生命当作后备能源的话，红警2里尤里阵营的生化反应炉，宝可梦里可以将闪电鸟充当电源的装置，应该都算是同类型的东西。
印象中，有部很老的日本动漫，里面也有德国纳粹利用妇女那啥充当能源的黑科技，虽然内容18+，而且禁锢的方式略有不同，但是机器设定上与超能波毁灭装置颇为相似（因为各种原因图就不放了）。
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